Microbiote intestinal : Définition, fonctionnement et protection

L’intestin ou le pays des merveilles fait parler de lui depuis quelques temps. Il a été notamment mis à l’honneur auprès du grand public grâce au livre « Le Charme discret de l’intestin” de Giulia et Jill Enders. D’ailleurs, actuellement, une exposition lui est consacrée à la citée des sciences et de l’industrie de Paris. Une lecture conseillée ! Depuis plusieurs années, maintenant, les études affluent afin de nous montrer que notre intestin est notre 7ème merveille du monde à nous, les êtres humains. Pourvu de ses cellules immunitaires, son système nerveux et de ses milliards de bactéries, l’intestin régule à lui seul notre niveau de santé. C’est un peu le thermomètre du bien-être physique et/ou psychique. En clair, « si tu fais de « belles crottes », tout va bien…sinon, prends garde à ton équilibre ». Zoom sur le sujet.

Le microbiote intestinal : La définition et les origines

Le microbiote intestinal, autrefois connu sous le nom de flore intestinale, est un ensemble complexe de micro-organismes comprenant des bactéries, des archaea, des virus et des eucaryotes. Ces micro-organismes colonisent les différentes sections de notre tube digestif, formant une communauté dense et dynamique. En fait, le microbiote héberge plusieurs milliards de micro-organismes et possède un nombre impressionnant de gènes microbiens, surpassant de loin le nombre de nos propres gènes.

L’étymologie du terme « microbiote » provient du grec ancien « mikros » signifiant petit et « biotikos » signifiant relatif à la vie. L’adoption du terme reflète une compréhension moderne de cette communauté microbienne en tant qu’entité vivante essentielle à notre existence.

Historiquement, l’étude du microbiote intestinal a évolué de manière significative. Au XIXème siècle, les premières découvertes sur les bactéries intestinales ont été faites, mais ce n’est qu’avec l’avènement des techniques de séquençage ADN au XXème siècle que les scientifiques ont pu explorer en profondeur la diversité et les fonctions des micro-organismes intestinaux.

Les bactéries du microbiote intestinal sont stratifiées le long du tube digestif, chaque segment hébergeant une composition unique adaptée à son environnement local. Ces bactéries ne traversent pas la barrière épithéliale de l’intestin, mais elles jouent un rôle essentiel dans de nombreux processus physiologiques. Elles contribuent à la digestion des aliments, à la production de vitamines, à la régulation du système immunitaire et à la protection contre les agents pathogènes.

Il existe autant de microbiotes que d’êtres humains, chaque individu possédant une composition microbienne unique influencée par des facteurs tels que la génétique, l’alimentation, l’environnement et les médicaments. Cette colonie microbienne au sein de notre corps et de notre intestin opère pour maintenir à la fois l’équilibre métabolique et notre capital santé. En régulant divers aspects de notre physiologie, le microbiote intestinal s’avère indispensable pour notre bien-être général.

Comment marche la protection « micro-biotique » intestinale ?

Ce microbiote est la première ligne de mire pour que notre organisme se défende contre les agressions extérieures.
En effet, lorsqu’une bactérie pathogène débarque dans l’intestin, deux choix s’impose à elle :

• soit elle gagne par le nombre ;
• soit elle prend la place de l’espace vide laissé par le manque de micro-organismes censés être présents dans notre corps. Les troupes protectrices ayant abandonné leur poste, laissent, de ce fait, libre les zones pour que les bactéries pathogènes prolifèrent, ou oublient simplement de faire leur job, à savoir libérer leur bactéricide légendaire pouvant détruire ces nuisibles.

Et lorsqu’il s’agit d’une substance toxique, notre microbiote est capable de les neutraliser et de produire des éléments comme les enzymes, vitamines et autres. De plus, cette flore intestinale stimule de manière permanente le système immunitaire en activant par exemple les anticorps.

Au delà de la protection, la mise en lumière de l’état du microbiote sur les pathologies chroniques

Des recherches approfondies menées sur une période de neuf ans ont révélé que l’état de notre microbiote intestinal a une influence significative sur notre santé à long terme. En analysant divers échantillons de populations sur cette période, les scientifiques ont observé que les déséquilibres microbiens, caractérisés par une pauvreté en micro-organismes bénéfiques, sont associés à une prévalence accrue de maladies chroniques. En particulier, un microbiote appauvri a été lié à un risque plus élevé de développer des affections métaboliques telles que le surpoids, l’obésité et le diabète de type 2. Ces déséquilibres peuvent également entraîner des troubles intestinaux spécifiques, notamment la maladie cœliaque et la maladie de Crohn, ainsi que des maladies auto-immunes comme la thyroïdite de Hashimoto.

Les implications de ces découvertes vont au-delà des maladies métaboliques et auto-immunes. Un microbiote intestinal déséquilibré a également été associé à une augmentation des maladies allergiques et des affections cutanées telles que l’eczéma. Les allergies alimentaires et environnementales semblent être exacerbées par une flore intestinale pauvre en diversité microbienne, ce qui compromet la capacité du système immunitaire à distinguer les substances inoffensives des agents pathogènes. De plus, un microbiote intestinal en mauvais état peut influencer l’apparition et la gravité des troubles de l’humeur et de l’anxiété, soulignant son rôle remarquable dans la santé mentale. Ainsi, maintenir un microbiote intestinal équilibré et diversifié apparaît comme une composante essentielle de la prévention et de la gestion des pathologies chroniques, mettant en évidence l’importance de la recherche continue dans ce domaine.

État défectueux du microbiote : comment en est on arrivé là ?

Les études nous démontre également que nous ne prenons pas soin de la santé de notre microbiote en France comme dans les pays européens : Un essai fait sur une tribu indienne, coupée du monde, pour laquelle, il a été analysé ce microbiote et qui s’est trouvé beaucoup plus riche que celui des occidentaux. A qui la faute ? La responsabilité est à mettre sur une consommation d’aliments à la fois hyper-transformés et de piètre qualité.
Bref, notre microbiote, tant important, s’appauvrit par manque de soins de notre part.

Microbiote : Comment préserver ce, si, précieux environnement vivant ?

Vive la recherche, celle-ci nous a permis de constater que l’enrichissement de notre flore en fruits et légumes avait une incidence positive sur notre santé et particulièrement sur notre microbiote.

L’idée est de soit nourrir notre microbiote afin qu’il puisse mieux inter-agir, soit remplacer les souches manquantes.
Dans un premier temps, revoir notre hygiène de vie. Alors certes la convivialité avec nos proches est importante, mais faire la fête de manière récurrente, négliger son alimentation, son sommeil et compagnie est une autre histoire.

Rétablir de l’ordre et du bon sens dans son assiette pour son intestin :

• Faites appel à la base, des aliments le moins transformés possible,
• Cuisinez le plus de vos deux mains,
• Utilisez condiments, épices, aromates et herbes pour sublimer vos plats,
• Colorez vos plats généreusement avec fruits et légumes (si possible de saison).

Zoom sur les prébiotiques pour le microbiote de l’intestin

Les prébiotiques sont tout simplement des sucres comme les oligosaccharides et les polysaccharides à chaine courte qui servent de substrats pour l’hydrolyse et la fermentation des bactéries présents dans notre intestin.

Les prébiotiques peuvent être référencés de la manière suivante :

• L’inuline : C’est un type de fibre soluble naturellement présente dans de nombreux végétaux, notamment les racines de chicorée, les artichauts, les asperges et les oignons. Cette fibre prébiotique est composée de chaînes de fructose qui résistent à la digestion dans l’intestin grêle. Lorsqu’elle atteint le côlon, l’inuline est fermentée par les bactéries intestinales bénéfiques, favorisant ainsi leur croissance et leur activité. Les avantages de l’inuline incluent une amélioration de la santé digestive, une meilleure absorption des minéraux comme le calcium et le magnésium, et une modulation favorable des niveaux de glucose et de lipides dans le sang. Elle joue également un rôle important dans le soutien de la flore intestinale en augmentant la population de bifidobactéries et de lactobacilles, qui sont essentielles pour un microbiote équilibré ;
• Les amidons résistants : Ce sont des glucides complexes que l’intestin grêle ne digère pas et qui atteignent le côlon intacts. Ils se trouvent dans des aliments tels que les bananes vertes, les pommes de terre refroidies après cuisson, les légumineuses et certaines céréales complètes. Une fois dans le côlon, les amidons résistants subissent une fermentation par les bactéries intestinales, produisant des acides gras à chaîne courte (AGCC) tels que le butyrate, qui est une source d’énergie clé pour les cellules du côlon et possède des propriétés anti-inflammatoires. Les amidons résistants contribuent à la régulation du transit intestinal, à la prévention des troubles métaboliques comme l’obésité et le diabète, et au renforcement de la barrière intestinale. De plus, ils jouent un rôle dans la réduction des inflammations coliques et peuvent aider à prévenir certaines maladies chroniques ;
• Les polyphénols : Ce sont des composés bioactifs présents dans une grande variété de fruits, légumes, thé, café, chocolat noir, et d’autres aliments riches en antioxydants. Ces composés ne sont pas seulement bénéfiques pour leur capacité à combattre les radicaux libres, mais ils agissent également comme prébiotiques en modulant favorablement le microbiote intestinal. En traversant partiellement non digérés l’intestin grêle, les polyphénols atteignent le côlon, où ils sont métabolisés par les bactéries intestinales. Ce processus de fermentation produit des métabolites qui peuvent améliorer la composition du microbiote, favoriser la croissance de bactéries bénéfiques et inhiber les bactéries pathogènes. Les polyphénols ont également été associés à des effets anti-inflammatoires, à une meilleure santé cardiovasculaire et à une protection contre certaines formes de cancer. En enrichissant le microbiote, ils contribuent de manière significative à l’équilibre global et à la santé de l’hôte.

Ils sont pêle-mêle retrouvés dans les végétaux comme les fruits et légumes, les légumineuses, les céréales, les pommes de terre refroidies après cuisson, les aromates, le thé, le café.

Zoom sur les probiotiques au sein du microbiote

Selon L’OMS ( l’organisation mondiale de la santé) et le FAO ( l’organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture) , les probiotiques sont « des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont ingérés en quantité suffisante, exercent des effets positifs sur la santé, au-delà des effets nutritionnels traditionnels. »

La clé pour des probiotiques au naturel, c’est la fermentation comme par exemple la lacto-fermentation qui est utilisé pour la fabrication de la choucroute, le yaourt, le fromage frais, le levain du pain, mais aussi, le miso, le tempeh. Une occasion de faire un bilan santé nutritionnel pour les sportifs notamment, un état défectueux du microbiote peut influer énormément sur la performance.